Uma equipe treinada e altamente capacitada que opera nos mercados interno e externo é responsável pela comercialização dos produtos entregues na Coamo. Os cooperados são informados diariamente sobre tudo o que acontece nos mercados. Assim, podem decidir sobre o melhor momento para comercializar a sua produção.

No mercado externo são comercializadas as commodities agrícolas nos sistemas FOB e CIF,  com  certificado de rastreabilidade, que garante o controle do produto Coamo do campo até o seu destino.

Anualmente, a Coamo exporta grandes volumes de farelo de soja, milho e algodão, entre produtos próprios e de terceiros, sendo destaque como grande exportadora de produtos. Cerca de 11% das exportações de todas as cooperativas brasileiras cabe à coamo, que está entre as maiores empresas exportadoras do país.

Para dar suporte as suas exportações, a Coamo conta com um terminal portuário próprio em Paranaguá, no estado do Paraná, com capacidade de embarque de até três mil toneladas de produtos por hora. Parte das exportações também são realizadas pelo porto de São Francisco do Sul, no estado de Santa Catarina.